瑞士中国学人科技协会采取组织扁平化, 矩阵式的组织结构, 下设若干部门:

• 科协理事会
• 秘书处
• 综合事务部
• 对外联络部
• 信息网络部
• 学人通讯社

下设分会

• 生命科学分会
• 金融分会
• 材料科学分会
• 妇女分会
• 青年分会

科协直属工作部门将具有20-30名工作人员，其中半数为各地学联选派.

瑞士中国学人科技协会的组织结可以有效地提升科协机构的活动组织和工作开展能力。通过整合各分会和学联资源，有效地建立科协和各专业分会以及各地学联沟通的桥梁，充分拓展科协在全瑞范围的影响力，为科协在瑞士各地组织活动建立组织和人员基础。